네기 스프링필드는 웨일즈 출신의 열 살짜리 마법사로, 사람들을 돕기 위해 자신의 능력을 사용하는 마법사가 되기를 꿈꾼다. 그의 목표는 죽은 것으로 알려진 사우전드 마스터, 전설적인 마법사인 그의 아버지, 나기 스프링필드를 찾는 것이다.

웨일즈의 멜디아나 마법 학원을 졸업한 후, 실제로 마법사가 되기 전에 네기는 현실 세계의 보호와 교육의 의무를 부여받았다. 그 의무는 일본의 마호라 학원에서 영어 교사가되는 것이다. 하지만 네기는 31명의 나이 많은 소녀들로 구성된 여자 중학교의 선생님을 수행해야 하므로 쉽지 않은 일이 될 것이다.

일본에서 보낸 시간과 모험으로 학생들의 학업 성취와 존경심을 얻고, 문제 해결에 도움을 주며 마호라 학원 안팎으로 마법적인 위협에 직면한다. 31명의 소녀들 각각이 자신만의 개성을 지녔지만, 특히 기숙사 룸메이트 카구라자카 아스나와의 관계는 처음에는 네기를 싫어했지만 차차 그를 이해하고 친구가 되어준다. 그리고 네기의 파트너가 되어 그의 아버지에 대한 단서를 찾도록 도와준다.

10살의 네기 스프링필드는 영국의 마법 학원을 졸업하고 자신을 포함한 5명 클래스의 상위에 들게 된다. 그는 졸업 후 마술사가 되기 위한 훈련의 임무를 받아, 일본의 마호라 학원에서 교사가 되어 클래스 2-A에 할당된 네기는 31명의 소녀들로 이루어진 학급을 지도하는 역할을 맡게 되었다.

에반젤린과의 만남에서 1년 후, 네기와 그의 학급은 스타 크리스탈 뒤에 새로운 수수께끼에 휘말려 있었다. 마법 학원의 2명의 대리인이 마호라에 학원에 도착, 도둑맞은 스타 크리스탈 소식을 전한다. 스타 크리스탈은 사우전드 마스터가 통제할 수 없는 힘을 가지고 있다. 크리스탈의 실종은 여전히 퍼즐로 남아 있었지만, 그 영향이 마호라 학원을 감싸고 있었다.

또한 크리스탈은 어두운 힘이 숨어있다. 때때로, 다크 시드 요정은 마법처럼 경치를 바꾸거나, 어두운 물체를 만들고, 마인드 컨트롤을 사용하여 혼란을 야기시킨다. 이에 네기와 학급은 파크티오 파워를 사용하여 전투에 참여하고 학생들을 구하게 된다.

어느날 선생님으로서 네기의 첫 해 동안 일어났던 모든 일들이 끝난 후, 2-A는 봄 방학에 아름다운 섬으로 여행을 간다. 이제는 모든 것이 괜찮지만, 네기는 여전히 2-A의 주요 매력이기 때문에 네기에게 좌충우돌 문제는 계속된다.

그러나 네기는 걱정할 다른 무언가가 있다. 네기는 아스나에게 마법사로서 아무 관련이 없다고 말해 아스나를 화나게 한다. 과연 네기와 아스나는 여행 도중 그 관계를 회복할 수 있을까?

노도카와 유에가 주문을 외우는 것으로 이야기가 시작된다. 유에는 훈련을 하는 동안 노도카에게 그들의 운명을 보여주는 마법인 붉은 실의 주문을 시전하자고 설득한다. 한쪽 끝은 노도카에게 연결되고, 다른 쪽 끝은 네기에게 연결된다.

안타깝게도, 이 주문은 운명을 연결하는 주문이 아니라 단지 두 사람을 붉은 문자열로 연결된다. 노도카와 네기가 연결되는 동안 온천 레저파크에서 목욕으로 하루를 보내는 방법에 관한 내용이다.

마호라제가 끝나고 여름 방학에 들어간 마호라 학원 중등부. 마법사 견습생 네기 스프링필드가 이끄는 3-A 학생들은 각각의 여름 방학을 보내고 있었다. 여름방학 동안, 대마법사인 아버지를 찾으러 웨일즈에 가서 찾을 때까지 돌아 오지 않는다는 네기.

그 말을 들은 아스나는 모두 네기의 아버지를 찾아내 제대로 학원에 돌아오게 한다는 클럽, 통칭 '네기마부(가칭)'를 세운다. 학생이면서 흡혈귀인 에반젤린이 명예 고문이 되었다. '네기마부(가칭)'는 그녀의 제안으로 부원의 증거인 흰 날개 모양의 배지를 달게 되었다. 다른 3-A의 클래스메이트는 그 배지를 빼앗으면 '네기마부(가칭)'에 들어 영국에 갈 수 있다고 듣고…?!

네기를 시작으로 에반젤린 밑에서 고된 수업을 참은 네기 파티. 마침 한학기 수업도 끝나 네기의 아버지 나기를 찾기 위해, 고향 웨일즈로! 마법세계의 문도 열어, 드디어 여행을 하려던 네기 파티였지만 그곳에서 기다리고 있는 것은, 네기의 숙명의 라이벌 '페이트'의 모습이었다…!

2011년 8월 27일 공개

네기 스프링필드와 하얀 날개(ALA ALBA)가 마법세계가 파괴되는 것을 막은 후, 그의 학생들과 함께 마호라 중학교로 돌아왔다. 하지만 그들은 교문에 '마호라학원 중등부 졸업식'이라고 쓰인 현수막이 있다는 것을 알아차렸다. 네기 일행은 혼란스러운 틈에도 졸업식을 준비하기 시작한다. 그와 동시에 학원장인 코노에 코노에몬은 네기를 학원장실로 불러 마법에 관한 3-A반 학생들의 기억을 모두 지우기 전에 추종자가 될 학생 중 한 명을 선택하도록 지시한다. 이것이 네기를 매우 곤혹스럽게 만드는데…